La structure générale de la spécialité STL, sur les quatre semestres de Master, est définie par la Mention Informatique. Les différents parcours s'interpénètrent très largement en année M1. En M2, les parcours professionnels sont caractérisés par des UE plus orientées sur une pratique et une technique professionnelle et des UE d'ingénierie qui correspondent à un travail en grandes équipes dans un contexte de type entreprise. Le stage du quatrième semestre se déroule en entreprise. Les parcours recherche sont caractérisés en M2 par des UE plus théoriques dans leur contenu, des UE de type « groupe de recherche » constituées d'un important travail personnel. Le stage du quatrième semestre se déroule en laboratoire ou en centre de recherche.
La spécialité STL a des accords particuliers avec plusieurs partenaires universitaires pour des parcours communs (spécialité « Mathématiques de la modélisation » de l'UPMC, CNAM sur la thématique « Logiciels Sûrs », Master Parisien de Recherche en Informatique (MPRI) sur la thématique « Algorithmique et Programmation ».