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Les choix de cours et les règles de validation sont les mêmes que pour les autres élèves de troisième année. En particulier, les élèves de mastère choisissent une voie de spécialisation, et un module de spécialisation au sein de cette voie. Ils suivent tous les cours obligatoires de ce parcours et certains cours optionnels. Un volant d'au plus cinq cours peut être suivi dans n'importe quelle voie de spécialisation de l'école. Le choix des cours reste donc très ouvert et propre à satisfaire les attentes les plus diverses.
L'élève de Mastère spécialisé est accueilli à l'école début septembre, soit six semaines avant le début des cours de troisième année. L'école organise une série de séances de remise à niveau destinées à aider les élèves à identifier leurs éventuelles lacunes. Le cas échéant, ils disposent du temps qui les séparent de la rentrée pour effectuer des lectures, conseillés par les permanents de l'école. Ils peuvent également suivre, sans obligation de validation, les cours de remise à niveau organisés durant cette période pour les élèves polytechniciens et normaliens entrant à l'ENSAE directement en 3ème année. Ces cours portent sur la statistique mathématique, l'économétrie, ma microéconomie et la macroéconomie.
L'élève de mastère spécialisé doit effectuer un groupe de travail, projet collectif mené par groupes de 2 à 4 élèves sous la direction d'un animateur. Il n'a pas en revanche la possibilité de substituer le groupe de travail par un stage en entreprise à temps partiel.
Les élèves suivant un mastère spécialisé en actuariat ont la possibilité de se présenter à l'institut des actuaires au mois de juin. Pour cela, ils doivent valider toutes les matières obligatoires de l'actuariat en troisième année, ainsi que les matières de deuxième année également obligatoires pour présenter l'IA (calcul stochastique, théorie du risque et instruments financiers). Comme pour les élèves de l'ENSAE, le groupe de travail sert de base à la thèse professionnelle d'actuariat. Les deux travaux sont soutenus simultanément devant un jury de l'IA.
Les deux semestres de cours sont suivis d'un stage de fin d'études d'une durée de 4 à 6 mois, qui peut se dérouler en France ou à l'étranger.
